Итак, возможно это не баг а фича, но суть такая... каждое здание на объекте занимает 1 поле за каждый уровень (кроме тех для кого есть исключение)

При этом, уровень здания в процессе улучшения поле не занимает, он его займет, как только улучшение завершится.

Итак, что мы имеем, например, у вас есть 1 поле, значит, вы можете начать улучшение всех зданий на объекте сразу (если ресики позволят), а пока все они в процессе улучшения, можете занять последнее поле любым не построенным зданием, которое, кстати, займет поле сразу пока строится, в итоге, после улучшения, каждый новый уровень здания, все таки, займет положенное 1 поле и поля на объекте уйдут в МИНУС 

конечно, что бы строить дальше, придется этот минус "превратить" в плюс, НО, достаточно 1 поля, что бы опять повторить процедуру по уходу полей в минус, начав улучшение зданий, в ограниченном количестве лишь ресурсами и их разновидностью у данной расы 
Конечно, логичнее, что занимать поле здание должно сразу в процессе улучшения.