Может если настройки разные выставить агрессия/автовозврат 
http://prntscr.com/t1rlwx 4 возможные комбинации получается
в эксперименте 
http://prntscr.com/t1rrvz все объединились нормально 
http://prntscr.com/t1rs6xЯ сегодня тоже странность наблюдал, заметил передвигаясь переработкой с одних координат на другие, что юниты стали оставаться позади, как с обоза выпали :) Списал это на то, что может не всех отправил. МТ на планку с миссией транспорт гонял.
Потом при обчистке ишки с кор над планкой баклуши разделились на две группы: 1-имеют исходную координату планеты с которой прилетели на координаты обчищаемой планки, 2-отвязанные, имеют коры обчищаемой планки как исходные, так и конечные. Думаю, дай еще одну пошлю в атаку из тех, что с координатами планки, куда вот она вернется? Вернулась в свою группу, из которой вылетела. 
http://prntscr.com/t1s8ac (а изначально это был один флот прилетевший на коры планки)
Надо еще понаблюдать. 
После исправления при атаке пирата с координат обороной флоты так же разделились.
