Здравствуйте!
У меня возникла следующая ситуация:
амортизация растет не из за увеличения флота как положено ( Обслуживание составляет 0.1% суммарной стоимости флота в металле и минералах. Они списываются равномерно в течение суток со всех колоний и астероидов пропорционально уровню производства на них. Если амортизация превышает выработку, то происходит накопление амортизации.), а из за прокачки шахт.

Конкретный пример:
за один день, за кристаллы апнул шахту добычи металла на 1 уровень с 26 лвл до 27, при этом кол-во флота осталось неизменным,  а амортизация выросла.
Прилагаю скрин с вкладки сырье при 26 уровне шахты и при 27 уровне шахты  https://prnt.sc/kkr532

Прошу устранить баг или разъяснить в чем я не прав.

Не баг. Общая выработка по планете выросла после увеличения уровня шахты, поэтому часть амортизации пропорционально перенеслась на новую планету (т.е. на какой то вашей планете амортизация уменьшилась).