Амортизация считается раз в сутки, величина общая для всех планет и астероидов. На отдельной планете или астероиде амортизация пропорциональна выработке, а не делиться поровну на все планеты. Если на какой то планете нет выработки, амортизация перераспределиться на те планеты где она есть. Если выработка на какой то планете больше, то и выше на этой планете амортизация.
Расчетная амортизация может быть выше суммарной выработки планет (много флота). Тогда амортизация снижается до суммарной выработки, чтобы избежать отрицательной выработки. Апнув шахту, вы просто увеличили выработку, но не достаточно, чтобы покрыть амортизацию.
Например все ваши планки производили 1к металла, но амортизация была 1.5к. Снималось только 1к. Апнув шахту вы получили 1.2к, что всё равно меньше 1.5к, но амортизация стала 1.2к.