После обширной колонизации космоса, объявленной Конфедерацией, умные люди начинают осознавать проблему усиления отдельно взятых колоний, а также бесконтрольное развитие военных технологий. Чем отдалённее планета и смелее её правитель, тем меньше он начинает слушать приказы центра и тем больше использует преимущества войны с соседями за ресурсы. В условиях продолжающегося усиления колоний Конфедерация начинает заметно сдавать позиции. Генерал Дюк после потери флагмана Норад в противостоянии с Сыновьями Корхала и Кель-Морианским Протекторатом отошёл от дел, уединившись на своих планетах. В отсутствие решения Совета Конфедерации фактическое командование флотом перешло к маршалу Крегу. Сепаратистские настроения усиливаются с каждым моментом времени, и учёным Конфедерации ничего не остаётся кроме как придумывать новые средства защиты…

Мощные экономические центры отдалялись всё дальше от столицы Конфедерации и подконтрольных ей колоний. План Конфедерации о снабжении её ресурсами независимыми колониями провалился в зародыше. Это стало ясно после отказа Кель-Мории поставлять ресурсы на восстановление флота главнокомандующего федеральных сил, генерала Дюка.

Кель-Морианский Протекторат был первым объединением свободных колонистов, которое отказалось выполнять прямые требования центра, ссылаясь на крайнюю расточительность и некомпетентность военных маршалов. Колонисты сообщили, что позаботятся о своей защите сами и не собираются делиться добываемыми на их планетах ресурсами. Протекторат взял под своё крыло несколько альянсов, замещая собой всю власть Конфедерации на отдалённых планетах.

Со временем всё большее число гильдий отказывалось поддерживать военные планы командования, и осуждали неэффективное использование флота. После очередной неудачной попытки усмирить активных противников режима на планете Корхал и провала операции по принудительному истребованию ресурсов из богатого мира Мории генерал Дюк вверил командование объединёнными силами терран маршалу Крегу. Формально оставшись главнокомандующим, он уединился на одной из своих закрытых планет.

Не смотря на первоначальные успехи маршала Крега, связанные с атомной бомбардировкой Корхала, исчезновением императора Менгска и космического пирата по кличке Толстопуз, хаос в неподконтрольном более мире новых колоний разрастался. С уходом генерала Дюка стало понятно, что старая система и конфедеральный договор не нужны свободным колонистам и скоро в секторе централизованная имперская власть должна смениться каким-то иным формированием.

Переломным стал момент, когда ослабленная бесполезными воинами Конфедерация, поддерживаемая старым Советом, включающим в себя: генерала Дюка, Крега и маршала Атора перестала быть достаточно сильной чтобы оборонять собственные планеты. По приказу маршала Крега с последних 12 лояльных миров были собраны все ресурсы, остатки флота и обороны для удержания Тарсониса, Бронтса и нескольких планет империи.

В наметившемся политическом кризисе, который мог перерасти в блокирование единой системы знаний и технологий терран, «Атласе», терране решили спасти Конфедерацию, провозгласив новый Совет, куда вошли наиболее влиятельные владельцы космических империй. Они провозгласили республиканское правление и новый Совет как основной правительственный орган. Члены старого Совета относятся к новой власти с пренебрежением и явным недовольством.