Если я на пиратов направлю переработчиков с боевым флотом в миссию переработать , то я получу меньше боевых очков при их уничтожение по сравнению с миссией атаковать?

Нет, БО будет столько же, как и при миссии "Атака". 

где найти пиратов

Листай галактику, ищи иконки в виде маленких красных черепушек - это пираты