Огромная заслуга Бильрота в том, что он активно внедрял чистоту в медицинскую практику: в своем отделении он требовал производить ежедневную уборку, операционные столы стали мыть после каждой операции. Помимо этого он ввёл обязательное ношение ежедневно сменяемых белых кителей для врачей — тем самым традиция ношения грязных сюртуков как доказательство опытности хирурга была пресечена. Все эти меры в значительной степени уменьшили послеоперационную смертность. Именем Бильрота названа одна из наиболее часто применяемых модификаций хирургических зажимов. Его же имя носят две основные принципиальные схемы резекции желудка.